Bu manga, öğrencilerin Japon tarihindeki ünlü şogunlara dayandığı bir okulda geçiyor. Sengoku Gakuen bir zamanlar normal bir okul gibiydi ama öğrenci başkanı Oda Nobunaga öğretmenleri devirdi ve onları fiilen güçsüz hale getirdi. Öğrenciler için, öğrenciler tarafından öğrencilerden oluşan bir okul inşa etti. Nobunaga sonunda mezun oldu ve Hideyoshi'yi öğrenci başkanı olarak bıraktı. Ancak Hideyoshi, Sengoku Gakuen'i yönetirken Nobunaga'nın Japonya'yı yönetmesine yardım etmek için kısa süre sonra okulu bırakır.
Hikaye burada, gergin ve muhafazakar ama yine de çalışkan bir çocuk olan Ishida Mitsunari ile çok sayıda takipçisi olan geçici okul başkanı Tokugawa Ieyasu'nun okul başkanlığı koltuğu için mücadele etmesiyle başlıyor. Mitsunari'yi sadakatle takip eden Ootani Yoshitsugu ve Nobunaga'nın küçük kız kardeşi Oichi gibi diğer ünlü isimleri de öğrenci arkadaşlarımız olarak görüyoruz. Öğrenci topluluğu başkanlığı pozisyonunu kim kazanacak ve okulun komutasını kim alacak?
