Kaçak Öğrenci Ninja Hayate

Hayate Shinobu sıradan bir 3. sınıf öğrenciniz değil; O, kendisini takip edenlerden kaçmak için sürekli okul değiştiren kaçak bir ninjadır.
Yakalanırsa onu bekleyen tek şey ölümdür.

Öte yandan takipçiler için görevdeki başarısızlığın telafisinin tek yolu da ölümdür.
Hayate'nin sınıf öğretmeni de bir ninjadır ve Talim ve Terbiye Kurulu'nun itirazlarına ve yaşadığı acıya rağmen ninja yasasını korumak için Hayate'yi idam etmeye karar vermiştir.

Hayate, sıradan bir ilkokul öğrencisi olma yolunda birçok zorluğun üstesinden gelmek zorundadır.