Özet
Sousei no Aquarion olaylarından 12.000 yıl sonra, diğer boyutlardan “Kaçıranlar” adlı yeni bir düşman tarafından tehdit edilir ve Gölge Melekler gibi, insan şehirlerini işgal ederek sakinlerini kaçırmak için işgal eder. Neo-DEAVA örgütü, insanlığı bu istiladan korumak için biri sadece erkeklerden, diğeri ise sadece kadınlardan oluşan iki ekip kurar ve her biri kendi dev makinelerine “Aquaria” adı verilen pilotluk yapar. Yeni arkadaşı Mikono'yu korumak için genç Amata Sora hayatı boyunca gizli tuttuğu güçleri kullanmaya karar verdi ve Vektörleri erkek ve kadın pilotlarla tek bir robotta birleştirerek efsanevi dev Aquarion bir kez daha yeniden doğdu.