Bu manga, kayıp babasını bulmak isteyen insanüstü gücü olan bir çocuk olan Ryouga'yı konu alıyor. Ryouga'nın sahip olduğu tek ipucu, yeterince güçlendiğinde onu babasına götüreceğine söz veren “Atari Salonu” adlı bulutların arasında gizemli bir figürdür. Ryouga'ya, kötü niyetleri için Pokemon'u kullanan kötüleri takip eden bir organizasyon için çalışan Miruto ve dünyadaki tüm kötülükleri ifşa etmeyi amaçlayan bir gazeteci olan Yappy katılıyor. Hikaye, insan-Pokémon melezlerine dönüştürmek için içlerinde depolanan Pokémon'lu kristalleri kullanma yeteneği olan "Burst" etrafında merkezleniyor. Ryouga'nın Patlaması, babasının geçmişte kullandığı Zekrom'dur.
