Team Aqua, Team Magma ve daha sonra Guile Hideout'un kötü planları dinlenmeye başlandıktan sonra Hoenn'e barış geri getirilmiş olabilir. Bununla birlikte, yeni bir kriz yaklaştığında, Steve Stone'un Ruby, Sapphire ve Emerald'dan bir kez daha yardım almaktan başka seçeneği yoktu. Genç eğitmenlerin Mega Evrim'in gizemli güçlerinden yararlanmasını sağlayan şey neydi? Kriz, Granit Mağarası'ndaki Groudon ve Kyogre'nin daha önce hiç görülmemiş bir duvar resmindeki garip 'omega' ve 'alfa' sembolleriyle herhangi bir şekilde ilişkili miydi? Steven'ın babası ve Devon Corporation'ın Başkanı Joseph Stone, tablonun üzerindeki göze çarpmayan 'delta' işaretini fark ettiğinde önemli bir şeyin üzerinde olabilir ...
