2065'te Dünya, Nova adı verilen ek boyutlu uzaylılarla bir savaşın merkezinde yer alıyor. Silahlı kuvvetler, insanüstü savaş silahları sistemlerini ve becerilerini göstermek için Stigmata (Seikon) adı verilen özel genetik dokuyu kullanabilen kızlar olan Pandoraları geliştirir ve eğitir. Pandora'yı desteklemek, rekabet özgürlüğünü kısıtlamak için belirli "dondurma" yetkilerini kullanan Sınırlayıcılar adlı erkek ortaklardır.
Bu sınırlayıcılardan herhangi biri, rahmetli kız kardeşi Pandora olan Kazuya Aoi'dir. Kazuya, Japonya'daki West Genetics Academy'ye katılırken duyarsız tarzı ve aşırı affobisi nedeniyle Dokunulmaz Kraliçe lakaplı güçlü Pandora, Satellizer el Bridget ile tanışır. Okul arkadaşlarının Satellizer'den uzak durmaları için yaptığı uyarılara rağmen, Kazuya ile arkadaş olur ve onun Sınırlayıcı olmasını ister. Satellizer, kısa bir süre sonra, Kazuya'nın değişen pozisyon ve kursların kolej rakiplerine karşı çeşitli dövüşlerde onu destekledikten sonra ruh eşi olduğuna inanan Rana Linchen adlı bir aşk ilişkisine girmesine rağmen, onunla ilişki kurmayı kabul ediyor. Novas, kurumun yeraltı laboratuvarına erişim sağlamak için kontrolleri altındaki Pandoraları kullanarak üniversitelerine saldırdığında, rekabeti ortadan kalkar.
Satellizer ve Kazuya, birkaç West Genetics öğrencisini Alaska'daki bir laboratuvarda birleştirerek, Evolution Pandora (E Pandora) göreviyle birlikte yardımcı olabilirler ve normal kadınların Stigmata nakillerini Pandora haline getirmelerine izin verir. E Pandora'larından biri çılgına döndüğünde, diğerleri deneydeki ilaçların tehlikeli olup olmadığını sorar, ancak iş organizasyonunun ve yöneticinin isteklerine uyması sağlanır. Harcanabilir olana kadar kullanılmaları gerektiğini anlayan E-Pandora Amelia Evans, Nova Clash'te tam anlamıyla tırmanan bir isyan başlatır.
Kazuya, ailesinin Nova ve Pandora ile olan bağları hakkında daha fazla şey öğrenir. Kazuya'nın büyükbabası Gengo Aoi, Rana ve Satellizer'i Valkyries adlı kadınlardan oluşan benzersiz bir takıma sokan aynı işi buldu. Bununla birlikte, özel tasarımlı Nova ile yapılan gösteri faaliyeti boyunca, Pandoralar tarafından sanrılar deneyimlenir ve kukla Novalar, Genetiği yok eden 100'lü Nova ordusu haline gelir. Gengo, Kazuya'nın teyzeleri olan Efsanevi Pandoraları serbest bırakarak buna karşı koyar. Şövalye'nin Gengo'ya suikast yapma çabası, Busters adlı birkaç mahkumu öldürmek için Efsanevi Pandoralardan birkaçı ölümcül Novalara dönüştüğünde, ancak görev başarısız olur.
