Kardeşler, Trisha vebadan öldüğünde onu diriltmek için insan dönüşümü yasaklanmış simya tekniğini uygularlar. Sonuç olarak, dönüşüm geri teper ve hukuken eşit değişimle, sol bacak ve Alphonse'un Edward'ın tüm vücudu mahvolur. Edward, Alphonse'un ruhunu kurtarmak için sağ kolunu kaybeder ve kan mührünü bir zırhla birleştirir. Roy Mustang, Edward'ı Alphonse'un vücudunu bir Eyalet Simyacısı tarafından araştırılmak üzere restore etmenin bir yöntemi olmaya davet eder. Edward, protez kol ve bacaklarına göre Fullmetal Alchemist adını alarak zafer kazandı.
Üç yıl sonra Elrics, amaçlarını gerçekleştirmek için efsanevi Felsefe Taşı'nı arıyor. Marcoh, notlarını kendileri tarafından bulunmaya gönderir, ancak onlar Taşı gerçekten kurban etmenin temel faktörünün insan kurban etmek olduğunu öğrenirler. Mustang'in arkadaşı Maes Hughes araştırmalarını sürdürür, ancak Homunculi'nin stratejilerini bulduğu için kılık değiştirmiş bir Kıskançlıkla vurularak öldürülür.
Izumi ile görüşen Elrics, insan dönüşümünün ölü doğan çocuğunda onun tarafından yapıldığını öğrenir. Sahte homunculus Greed, Alphonse'u yakalar, ancak Amestris'in başkanı King Bradley tarafından kurtarılır ve homunculus Wrath olarak işlev gördüğü gösterilir. Açgözlülük böylece Homunculi'nin yaratıcısı olan Babası tarafından eritilir ve yeniden emilir. Winry ve Elrics, Hughes'la gitmek için Central City'ye döner, ancak onun vefatını öğrenir. Teğmen Maria Ross, Hughes'un cinayetiyle suçlanır, ancak görünüşe göre Mustang tarafından öldürülür. Yine de Edward, Ross'un ayrılışının, Xingese prensi Ling Yao'nun yardımıyla Mustang tarafından Amerika Birleşik Devletleri'nden Xing'e kaçırılabilmesi için sahnelendiğini öğrenir. Hohenheim, Edward tarafından yeniden bir araya gelir, ancak ikametgahında uzun süredir yok olduğu için onu hor görür.
Anlatı ilerledikçe, baş kahramanlar Homunculi ile tekrar tekrar karşılaşıyor. Mustang şehveti öldürür; Mustang ve Ling, Oburluk'u yakalar, ancak sonunda Envy'i ve Ling benzeri karnına Edward'ı tüketmeye başlar. Oburluk, Alphonse'u Baba ile tanışmaya götürür, ancak Ling, diğerleri Oburluk'un karnından kaçtığında, bir homunculus'a, özellikle Açgözlülük'ün en yeni avatarına dönüşür. Elricler, Baba onlara karşı çıkmadığı sürece takiplerine devam etmek üzere serbest bırakılır.
Briggs'in altında bir yeraltı tüneli bulan General Olivier Armstrong, Peder ve Elrics'in ulusal bir dönüşüm grubu oluşturduğunu ve vatandaşlarına tanrılığa yükselebilmesi için vermeyi planladığını tespit etti. Açgözlülük, Baba'ya ve önceki benliğinin anılarına ihanet eder, sonra ve Kimblee Hohenheim'ın kimera köleleri Edward ile birlikte çalışır. Hohenheim oğullarına bireysel olarak kendisinin ölümlü olmadığını, dört yüz yıl önce Baba tarafından yaşayan bir Felsefe Taşı'na dönüştürüldüğünü açıklar.
Vaat Günü gelir ve Baba, temel olan fedakarlıkları olarak insani dönüşüme teşebbüs edenler ve tutulması için stratejisine başlamaya hazırlanır. Çeşitli kahramanlar, tüm Homunculi'lerin ölümü sona ererken, Baba'nın yardımcılarıyla çatışır. Zorunlu bir Mustang'in ardından Elrics, Izumi, Hohenheim, babanın ulusal dönüşümü harekete geçirmesinin nedenleri olarak toplanır. Yine de Scar ve Hohenheim, Amestrialıların karşı önlemlerle kurtarılmasını sağlar. Açgözlülük, Baba tarafından mahvolur, ancak baba, kahramanların Felsefe Taşı'nı aşındırmak için onunla savaştığı yerde karşı karşıya kalır.
Zırhı Peder'e karşı son çatışmada neredeyse harap olan Alphonse, sağ kolunu geri kazanmak için ruhunu verir ve bu da Baba'nın Taşını harap eder ve onu Edward'ın ruhani Hakikat Kapısı'na geri gönderir. Edward, ruhu ve Alphonse'un vücudunu kurtarmak için simya yapma gücünü kaybeder. Hohenheim, Trisha'nın gülümsemesiyle öldüğü mezarı görür.
