Özet
İlk Ghost In The Shell mangasından birkaç yıl sonra gerçekleşir. Binbaşı o zamandan beri kayıptır ve Ghost in the Shell 2, bir organ fabrikasında meydana gelen bir olay ve sonuçlarını araştıran gizemli Motoko Aramaki'yi takip eder. Ortalığı temizlemek ve bu süreçte kendini kurtarmak için kaçıyor. Bu arada 9. bölümün eski üyeleri, onun gerçekte kim olduğunu öğrenmek için Motoko'yu araştırır.