AG 101'de (Advanced Generation takviminin 101'inci yılı), yalnızca "UE" veya "bilinmeyen düşman" olarak bilinen gizemli bir varlık, uzay kolonisi Angel'a saldırır ve onu yok eder. Bu acımasız saldırı, "Meleğin Düştüğü Gün" olarak ünlenmiş ve insanlığın hayatta kalma savaşının başlangıcını işaret ediyor. Seri, AG 108'de UE'nin, Flit Asuno'nun Angel kolonisinden yok edilmeden önce kaçtıktan sonra yaşadığı uzay kolonisi Ovan'a saldırmasıyla başlar. Flit'in annesi UE tarafından öldürülmeden kısa bir süre önce, oğluna "AGE Device" adlı bir nesne verir. İçinde geçmişten gelen güçlü bir silahın planlarını keşfeder - "Gundam" adlı kadim mesih.
Bu planlardan Flit, sonraki birkaç yılını Nora uzay kolonisindeki bir Dünya Federasyonu üssünde mühendislik okuyarak ve Gundam AGE-1'i tasarlayarak geçiriyor. Yedi yıl sonra, AG 115'te Flit, tıpkı UE'nin Nora'ya saldırması gibi Gundam AGE-1 Normal'i tamamlar ve onu yok edilmeden önce koloninin vatandaşlarını tahliye etmede Federasyon savaş gemisi “Diva” nın mürettebatına yardım etmek için kullanır. Evini iki kez yıkmak için savaşı UE'ye getirmeye kararlı olan Flit, Gundam'ın pilotluğunu yapan Diva'nın mobil kıyafet ekibinde görev yapmayı kabul eder. Bir eylem planı oluşturmak için yeterli veri ve askeri güç elde ettikten sonra, Diva mürettebatı ve müttefikleri, UE'nin Ambat asteroidindeki gizli kalesini yok eden başarılı bir saldırı başlattı. Orada, UE'nin aslında Mars'ı kolonileştirmek için gönderilen, sözde başarısız bir insan görevinin torunları olduğunu ve Veigan adlı kırmızı gezegende kendi uluslarını oluşturan Dünya Federasyonu tarafından ölüme terk edildiğini öğrenirler.
